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新型高速BLAST加深对基因组了解图

2018-11-30 18:53:19

新型高速BLAST加深对基因组了解(图)

生物通报道:Blast是NCBI研制的一个生物基因数据库系统,该系统对于生物基因序列数据在计算机中的表达和处理作了许多的研究,提供了一个快速的基于碱基数据的搜索引擎。由于Blast功能强大,检索速度快,所以Blast工具流行于世界上几乎所有的生物信息中心。

在今年6月来自太平洋西北国家实验(Pacific Northwest National Laboratory, PNNL)能源系的研究人员开发了一种新型的BLAST工具,它可以加速分析的过程,加深我们对于生命机制的了解,使我们可以分析大量数据找到治疗疾病的方法、更安全的清理环境的方法并保护国土远离生物危机。

ScalaBLAST是一种成熟的序列比对工具,它可以将许多庞大的数据切成可以处理的小片段,这样这些数据就可以在多个处理器并行处理。这个技术意味着解决了“大块头”问题,比如一些基因组的分析,可以在几分钟内解决而不是数周。

在PNNL的超级电脑上存在有1960个处理器,有着海量的内存,可以处理各种“大块头”。但是,如果软件没有经过特殊处理那么它在这台超级电脑上的运行速度不会比普通PC机上快多少。PNNL的研究人员利用Global Array(一种功能强大的编程工具包)创造了一种算法(algorithm)将工作量分摊开。

分析生物的基因组序列可以帮助对疾病治疗等问题需要解决方法。过去研究人员对13个物种的基因组进行比对需要10天,而现在大概只需要9个小时,速度提高了数百倍。大批量数据的处理可以对微生物是如何处理环境中毒素进行预测。同时,它可以帮助了解生物系统中的各个成分,为国土安全找到更好的检测方法,能更快确定生物危机并迅速做出反应。

生物通 谢菲

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